Cartographie des Essais Cliniques sur le Corona Virus

Principaux objectifs

Une centaine d'essais cliniques sur COVID-19 ont été lancés en quelques semaines dans le monde entier. Les essais prévus, en cours ou terminés sont recensés par l'OMS et des épidémiologistes.

La mise à disposition d'une vue synthétique de ces essais cliniques est essentielle pour la coordination de la communauté de recherche : pour explorer de nouvelles cibles thérapeutiques tout en évitant des études similaires.

C'est l'objectif de cette cartographie qui, basée sur la fouille de données textuelles des métadonnées de ces essais, permet de voir d'un coup d'œil toutes les pistes explorées par les essais cliniques an cours, passé ou prévus, les combinaisons de traitements, leurs principales catégories et les résultats attendus ou observés.

Ces cartes montrent comment l'ensemble des traitements considérés dans les essais cliniques de 2020, qu'ils soient en cours, prévus ou achevés ont été combinés dans les essais cliniques au niveau mondial. Deux termes sont liés sur la carte s'il existe une relation statistique entre eux dans l'ensemble des essais cliniques.

Deux types de cartes sont disponibles

• La première carte à s'afficher, appelée conditionnelle, montre comment les traitements ont été combinés dans les essais cliniques. Le poids d'un lien entre deux traitements est la probabilité que l'un soit considéré avec l'autre dans un même bras d'essai clinique.
• L'autre carte, appelée distributionnelle, met en évidence les similarités dans les contextes d'utilisation de ces traitements. Elle établit ainsi des relations entre des traitements qui n'auraient peut-être pas été considérés ensemble dans un même bras d'essai clinique, mais qui ont été combinés de manière similaire à d'autres traitements.

La formule mathématique de ces mesures de proximité se trouve dans le la documentation de GargantextA>

Détails

Ces cartes sont basées sur la base de données des études COVID randomisées fournies par l'OMS et prétraitées par un consortium international d'organismes de recherche qui filtrent, nettoient et enrichissent l'ensemble des données. Nous l'avons obtenu dans le cadre d'une colaboration avec la Pr Isabelle Boutron (CRESS-UMR1153) et le Pr Philippe Ravaud (APHP) le 5 mai 2020. L'objectif de cette base de données est d'informer sur les études en cours et d'explorer de nouvelles cibles thérapeutiques, en évitant les études similaires. Elle synthétise plus de 616 essais cliniques avec un total de 1491 bras sur les coronavirus.

Les essais cliniques sont tous préenregistrés et donc normalement validés sur le plan éthique ; cependant, certains n'ont pas encore commencé.
En date du 5 mai 2020, 616 études au total ont été enregistrées. Cette base de données est un travail manuel, il peut donc y avoir quelques incohérences, elle a été enrichie avec les familles de traitement.

Ces cartes ont été réalisées en utilisant Gargantext le 6 mai 2020. Elles visent à donner une vue d'ensemble de toutes les études COVID randomisées mentionnées dans la base de données de l'OMS. Nous avons procédé à une exploration de texte sur la description des traitements et des résultats afin d'en déduire les principales catégories d'essais cliniques et leurs éventuelles complémentarités.

Mapping of Coronavirus Clinical Trials

Main goals

Several hundred clinical trials on COVID-19 were launched within a few weeks worldwide. Planned/ongoing/terminated trials are being tracked by WHO and physicians.

The provision of a synthetic view of these clinical trials is essential for the coordination of the research community: to explore new therapeutic targets while avoiding similar studies.

This is the objective of this mapping which, based on textual data mining of the metadata of these trials, allows to see at a glance all the avenues explored by current and past clinical trials, the combinations of treatments, their main categories and the expected or observed results.

What you see are all the treatments that are being considered in 2020 clinical trials whether ongoing, planned or completed and how they have been combined in those trials. Two terms are linked on the map if there is a statistical relation in the set of clinical trials between them.

Two maps are available

• One map, nammed conditionnal, show how treatments have been combinned in clinical trials. The weigh of a link between two treatments is the probability that one is considered with the other.
• The other map, nammed distributional, infers treatment that have been tested in the same clinical trials context. It thus make relations between treatments that might not have been considered together but that have been tested with roughly the same other treatments.

Details

These maps are based on database of randomized COVID studies provided by the WHO and pre-processed by an international collaboration of laboratories that filter, clean, enrich the dataset. We got it from Pr Isabelle Boutron (CRESS-UMR1153) on May 5 2020. The aim of this database is to inform about current studies and explore new therapeutic targets, avoiding similar studies. It synthetises more than 616 clinical trials with a total of 1491 arms on coronavirus.

Clinical trials are all pre-recorded and therefore normally ethically validated; however, some have not yet begun.
This clinical trials database is a manual work so some inconsistencies might remain.

These maps has been realized using Gargantext on May 6 2020. They aim at giving a bird eye view of all the randomized COVID studies mentionned in the WHO database. We did text-mining on the treatment description and outcome descriptions to infer the main categories of clinical trials and their possible complementarities.

When you click on a term, the most related terms are displayed in a tag cloud on the right along with the details of the clinical trials that mention the most of the selected terms.

In the Distributional maps (the first map to be loaded) links between terms capture a proximity measure that takes into account the profiles of interaction of each term with the others. It can infer relevant relations between terms even if their haven't co-occur in a clinical trial (second order proximity measure).

In the Conditional map, links between terms represent the conditionnal probability of having one terms knowing the other in a paper (its the confidence measure).

In each graph, the node size is a fonction of the pagerank of the term in the graph.

The mathematical formula of these proximity measure can be found in the Gargantext documentation.